Poissons migrateurs : un nouveau plan en consultation, des échecs à expliquer

Le projet de Plan national d’actions en faveur des migrateurs amphihalins 2026-2036 est soumis à consultation publique jusqu’au 28 octobre. On observe que la continuité écologique occupe une place moins importante et plus nuancée que d'habitude – au moins dans la présentation du plan, ce qui ne préjuge pas de mise en application. Hydrauxois invite les riverains, propriétaires, associations et élus à examiner ce document et à donner leur avis. Le texte comporte des orientations intéressantes. Mais il laisse une question centrale sans réponse suffisante : quels enseignements tire-t-on des résultats décevants des politiques précédentes ? 

Le projet concerne les espèces dont le cycle de vie comporte des déplacements entre eaux douces et milieu marin : saumons, aloses, anguilles, lamproies et autres migrateurs. Il transforme le plan national engagé en 2022 en un Plan national d’actions couvrant la période 2026-2036. Son préambule précise que cette actualisation intervient «sans modification du fond du plan» (p. 2).

Ses 35 actions sont réparties entre six thèmes : lien terre-mer, pêche, habitats continentaux et continuité écologique, pisciculture et repeuplement, suivi et évaluation, communication et formation. Elles visent notamment à mieux connaître les habitats marins et les pressions, améliorer le suivi des captures, protéger les habitats importants, réduire les impacts d’ouvrages hydrauliques et définir des objectifs de conservation. Le plan prévoit aussi de centraliser les données et d’évaluer les résultats.

Des espèces présentant des niveaux de menace différents

Le plan reprend les classements de la Liste rouge métropolitaine de l’UICN de 2019. Parmi les douze espèces retenues, cinq appartiennent aux catégories d’espèces menacées : l’esturgeon européen, la grande alose et l’anguille européenne sont «en danger critique d’extinction» ; la lamproie marine est «en danger» ; la lamproie fluviatile est «vulnérable» (p. 25-28). Ces catégories évaluent le risque d’extinction à partir de critères comme le déclin des effectifs, leur faiblesse ou la restriction des aires de répartition.

Le saumon atlantique, les deux aloses feintes et l’éperlan sont «quasi menacés». Le saumon de l’Allier fait toutefois l’objet d’une évaluation particulière qui le classe «vulnérable». La truite de mer et le mulet porc relèvent de la catégorie «préoccupation mineure», tandis que les données sont insuffisantes pour évaluer le flet. Le tableau du plan indique une tendance décroissante pour huit des douze espèces. Ces évaluations, principalement issues de 2019, doivent être distinguées des données de suivi plus récentes.

Un ensemble de protections déjà en place

Le plan rappelle que les migrateurs bénéficient déjà de nombreux instruments internationaux, européens, nationaux et locaux. Leur portée varie : certains protègent directement les animaux, d’autres encadrent leur exploitation ou visent leurs habitats. Le classement dans une Liste rouge constitue un diagnostic scientifique ; il ne crée pas, à lui seul, une interdiction de pêche.

À l’échelle internationale, les conventions de Berne et de Bonn organisent respectivement la conservation de la vie sauvage européenne et celle des espèces migratrices. La convention de Washington, dite CITES, encadre le commerce international, notamment celui des esturgeons et des anguilles. Les conventions OSPAR et de Barcelone concernent les milieux marins de l’Atlantique du Nord-Est et de la Méditerranée. Le saumon fait aussi l’objet d’une coopération spécifique dans le cadre de l’Organisation pour la conservation du saumon de l’Atlantique Nord, l’OCSAN.

À l’échelle européenne, la directive Habitats-Faune-Flore prévoit la conservation de plusieurs migrateurs et de leurs habitats, notamment par le réseau Natura 2000. La directive-cadre sur l’eau fixe des objectifs de bon état des eaux continentales, estuariennes et côtières ; la directive-cadre sur le milieu marin complète cette approche en mer. L’anguille relève d’un règlement spécifique de 2007 destiné à reconstituer son stock. Le règlement européen de 2024 sur la restauration de la nature ajoute des objectifs de restauration des milieux et de connectivité des rivières.

En France, l’esturgeon bénéficie d’une protection stricte. Pour plusieurs autres migrateurs, l’arrêté du 8 décembre 1988 protège notamment les œufs et les milieux de reproduction. Le code de l’environnement prévoit également la protection des frayères, le maintien d’un débit minimal à l’aval des ouvrages et les classements de cours d’eau relatifs à la continuité écologique. La pêche est encadrée par des règles de périodes, de tailles, d’engins et, selon les cas, d’autorisations ou de quotas. Des plans spécifiques existent pour l’esturgeon, l’anguille et le saumon.

À l’échelle des bassins, les plans de gestion des poissons migrateurs, ou PLAGEPOMI, organisent les mesures de conservation et de gestion avec les comités de gestion des poissons migrateurs, les COGEPOMI. Ils s’articulent avec les schémas de gestion de l’eau et la planification maritime. Des sites Natura 2000, réserves naturelles, arrêtés de protection de biotope et restrictions locales de pêche peuvent compléter ces dispositifs.

Trois insuffisances

Le nouveau PNA s’inscrit donc dans un ensemble ancien et déjà dense. Il constitue lui-même un outil d’orientation et de coordination, sans créer à lui seul de nouvelles obligations juridiques directes . Trois insuffisances appellent particulièrement des observations.

1. Expliquer les résultats des politiques précédentes

La France conduit des programmes de restauration des migrateurs depuis le plan saumon lancé en 1975. Le document soumis à consultation décrit les menaces et les actions engagées. Il ne présente toutefois pas un bilan indépendant permettant de relier les dépenses et les interventions aux résultats biologiques obtenus.

Or les données récentes sont très préoccupantes. Selon le rapport IndiNAT de mai 2026, les indicateurs nationaux de géniteurs potentiels comptés en migration atteignent, en 2024, seulement 32 % du maximum connu pour le saumon, 5 % pour la grande alose et 4 % pour la lamproie marine. L’indicateur de production naturelle de jeunes saumons atteint 26 % de son maximum. Ces références correspondent aux maximums de séries de suivi de durées différentes, non à des abondances naturelles anciennes. Elles montrent la faiblesse des niveaux actuels.

L’objectif général de rétablissement reste loin d’être atteint. Cela ne signifie pas que chaque intervention a été inutile : une amélioration locale peut être contrariée par d’autres pressions. Mais cette situation impose d’expliquer les réussites, les échecs et les écarts aux prévisions. La reconduction d’un programme ne peut tenir lieu de bilan.

En outre, il est de moins en moins probable que les rivières de demain puissent ressembler aux rivières d'hier. La question des objectifs mêmes de repeuplement devra être posée, au vu des faibles résultats obtenus depuis 50 ans. 

2. Justifier la place donnée à la continuité écologique

Le plan indique que la restauration de la continuité écologique représentait environ 80 % des moyens engagés dans les bassins pour la gestion en faveur des migrateurs, selon les bilans de 2021 (p. 64). Une telle concentration des efforts appelle une évaluation précise de ses bénéfices.

Legrand et ses collègues ont étudié les comptages de cinq taxons dans 43 stations françaises entre 1983 et 2017. Ils observent des évolutions contrastées, avec un fort recul des aloses et des lamproies marines. Leur analyse ne détecte aucun effet statistiquement significatif de l’amélioration de la continuité telle qu’elle était renseignée. Les auteurs invoquent notamment le manque de données précises sur les interventions. Ce résultat ne démontre pas une absence générale d’effet. Il montre que les informations disponibles ne permettaient pas d’établir clairement le bénéfice des politiques conduites.

Merg et ses collègues établissent, en 2020, un rôle important de la fragmentation dans le recul historique des migrateurs. Mais leur reconstitution, fondée sur des archives allant du milieu du XVIIIe au début du XXe siècle, montre aussi que les migrateurs atteignaient encore des parties amont des bassins, jusque dans certaines têtes de bassin, dans des paysages déjà aménagés par de nombreux moulins et étangs. Les auteurs reconnaissent ce paradoxe pour les ouvrages anciens et évoquent notamment les changements de gestion et les transformations ultérieures des installations. Ce constat appelle a minima à distinguer les types d’ouvrages, leurs caractéristiques, leur histoire et leur mode de gestion. L’étude souligne également la difficulté à quantifier l’effet protecteur des passes à poissons. Elle rappelle que certains programmes ambitieux de restauration et de repeuplement ont produit des résultats décevants, voire des échecs. Enfin, ses scénarios d’effacement n’intègrent ni les coûts ni plusieurs conséquences patrimoniales, économiques ou morphologiques indésirables. Un scénario de modèle ne constitue donc pas une garantie de résultat sur le terrain.

Le plan devrait tirer explicitement les conséquences de ces limites. Quels gains démographiques attend-on du traitement d’un obstacle ? Comment les compare-t-on aux bénéfices d’une réduction des pollutions, des prélèvements ou des mortalités par pêche ? Comment tient-on compte des conditions estuariennes et marines ? Connaître un mécanisme nuisible ne suffit pas à déterminer la meilleure dépense sur chaque bassin.

3. Transformer le ciblage annoncé en priorités vérifiables

Le projet insiste sur les territoires importants pour les migrateurs qui devraient rester favorables malgré le changement climatique. Il s’agit de rechercher les secteurs où les espèces pourront encore se reproduire, grandir et circuler dans les décennies à venir. Le plan propose de les cartographier et, selon les besoins, de renforcer leur protection (p. 139). Cette orientation rejoint une demande ancienne de Hydrauxois : concentrer les moyens sur des objectifs territorialement réalistes.

La notion d’ouvrage clé appelle également une sélection argumentée. Un barrage qui commande l’accès à de vastes habitats favorables ne présente pas le même enjeu qu’un seuil partiellement franchissable donnant accès à un secteur dégradé. Le plan prévoit le diagnostic de 25 ouvrages clés et l’élaboration de plans d’action sur cinq ouvrages pilotes (p. 141-142).

Cette approche ciblée mérite d’être saluée. Elle doit cependant conduire à publier les critères de choix, les bénéfices attendus et les solutions comparées. La conciliation annoncée avec les usages de l’eau suppose d’examiner la gestion des vannes, les dispositifs de franchissement, les contournements, les modifications et les effacements, avec leurs coûts et leurs conséquences.

Le texte ne permet pas de conclure à un retrait effectif des interventions de continuité. Il décrit surtout un ciblage dont les implications restent à préciser. Les évaluations annoncées à mi-parcours et en fin de plan sont utiles, mais leur méthode doit être définie dès le départ. Compter les ouvrages traités ou les kilomètres accessibles ne suffit pas : il faut mesurer la reproduction, la survie et le renouvellement des populations, et déterminer ce que les interventions ont réellement amélioré. En cas de résultat nul voire négatif (ce qui est souvent observé), il faut assumer l'arrêt de certains choix publics car les bugets contraints de l'eau et de l'écologie aquatique imposent des choix. 

Participer à la consultation

Hydrauxois appelle à demander un bilan indépendant des politiques précédentes, une justification comparative des priorités et une évaluation des bénéfices comme des pertes pour les territoires.

Les choix concernant les rivières engagent des fonds publics, des milieux vivants, des usages et des patrimoines. Les habitants et les collectivités doivent pouvoir comprendre les résultats raisonnablement attendus et participer aux arbitrages.

La consultation est ouverte jusqu’au 28 octobre 2026 : lien

Sources

Projet de Plan national d’actions en faveur des migrateurs amphihalins 2026-2036. 

UICN Comité français, MNHN, SFI et AFB (2019). Liste rouge des poissons d’eau douce de France métropolitaine 

Associations Migrateurs de France (2026). Rapport d’action du projet IndiNAT – Indicateurs nationaux pour les poissons migrateurs. Mai 2026

Legrand M. et al. (2020). Contrasting trends between species and catchments in diadromous fish counts over the last 30 years in France. Knowledge & Management of Aquatic Ecosystems, 421, 7 :

Merg M.-L. et al. (2020). Modeling diadromous fish loss from historical data: Identification of anthropogenic drivers and testing of mitigation scenarios. PLOS ONE, 15(7), e0236575 :

À lire également sur Hydrauxois

Bilan très mitigé de 40 ans de politique publique pour les poissons migrateurs (Legrand et al. 2020) 

250 ans d’évolution des poissons migrateurs en France (Merg et al. 2020) 

Déclin des poissons grands migrateurs et échec de la politique de continuité écologique

Le réchauffement climatique efface les glaciers, mais il y fait aussi renaître une vie plus abondante

Le recul des glaciers est une conséquence majeure du réchauffement climatique. Mais les espaces libérés par la glace accueillent aussi de nouveaux écosystèmes : lacs, zones humides, végétation et communautés animales. Reconnaître leur valeur écologique ouvre un débat : comment protéger cette montagne nouvelle tout en permettant aux sociétés humaines de s’y adapter et d'y poursuivre des activités ?

La disparition progressive des glaciers bouleverse la montagne. Elle réduit des réserves d’eau qui contribuent à alimenter les cours d’eau pendant les périodes chaudes, transforme des paysages emblématiques et fragilise certains itinéraires ou équipements. Les risques évoluent aussi, avec des instabilités rocheuses et la formation de lacs susceptibles, dans certaines configurations, de provoquer des crues. Ces pertes justifient pleinement les efforts pour limiter le réchauffement climatique et préparer les territoires à ses conséquences.

La vie après la glace

Pour autant, le retrait glaciaire ne laisse pas seulement un paysage dévasté. Dans un entretien à France Info, le glaciologue et géomorphologue Jean-Baptiste Bosson souligne que de nouveaux écosystèmes apparaissent et possèdent une grande valeur écologique. Il évoque des lacs, des zones humides, des rivières et même des forêts issues de la colonisation des terrains libérés par la glace. Concernant les dangers naturels, il invite également à tenir compte de la diversité des situations : «Parfois, il y a plus de dangers naturels, mais pas tout le temps et pas partout.»

Les recherches récentes documentent cette transformation. Le Réseau alpin des espaces protégés, ALPARC, association de droit français basée à Chambéry et active à l’échelle de l’arc alpin, y consacre son rapport de 2025, Alpine Glaciers and New Ecosystems in Alpine Protected Areas. Issu du projet Life After Glacier et élaboré avec la participation de quatorze espaces protégés alpins, ce travail examine les transformations rapides des paysages, la colonisation par les espèces et les changements de biodiversité liés au retrait glaciaire. Dans les Pyrénées, des travaux présentés en 2025 suivent la colonisation végétale de six marges glaciaires, dont quatre en France. Dans les Alpes italiennes, une étude publiée la même année observe certaines mousses sur des terrains désenglacés depuis seulement trois ans. La vie s’installe donc parfois rapidement, même si les trajectoires dépendent de l’altitude, de l’humidité, des substrats et de leur stabilité. Progressivement, la végétation et les communautés du sol participent à la construction de nouveaux habitats.

Les zones humides constituent un aspect particulièrement intéressant de cette évolution. Une étude publiée en 2026 dans les Alpes autrichiennes montre que ces petites surfaces concentrent l’activité biologique et l’accumulation de carbone au sein des terrains récemment libérés. Une absorption diurne de CO₂ y est mesurée dès cinq ans après le retrait de la glace. Ces milieux méritent donc une attention particulière, sans que leur apparition puisse être assimilée au remplacement des immenses réserves d’eau glaciaires.

La richesse écologique peut ainsi augmenter localement et de nouveaux paysages se constituer. Il faut toutefois éviter de décrire les glaciers comme des espaces sans vie : ils hébergent des organismes spécialisés, notamment microbiens, dont certains contribuent aux premières communautés des sols émergents. La transition produit à la fois des habitats nouveaux et la perte de milieux singuliers.

Poursuivre et adapter les activités humaines

Cette montagne en transformation peut aussi ouvrir des perspectives humaines. À côté du tourisme hivernal, si structurant pour de nombreuses vallées, les paysages lacustres et végétalisés pourraient favoriser la randonnée, la découverte naturaliste, l’éducation et de nouvelles formes de séjour. Selon les sites, les nouvelles configurations hydrologiques peuvent également conduire à examiner des possibilités de gestion de l’eau. Ce sont des perspectives à évaluer, avec leurs contraintes écologiques, techniques et de sécurité.

Un dilemme apparaît alors. Les habitants et les collectivités doivent s’adapter aux pertes provoquées par le réchauffement. Si chaque espace nouvellement libéré devait devenir un sanctuaire excluant tout usage, leurs possibilités d’adaptation s’en trouveraient réduites. À l’inverse, une occupation précipitée pourrait dégrader des milieux dont nous commençons seulement à comprendre le fonctionnement.

Pour notre association, cette question mérite un débat ouvert entre les scientifiques, les gestionnaires publics, les usagers et les citoyens. La protection doit définir les activités compatibles, les secteurs sensibles et les précautions nécessaires, en associant les populations concernées. La valeur écologique d’un milieu appelle une gestion attentive, mais elle ne suffit pas, à elle seule, à justifier l’exclusion de toute présence humaine. La montagne de demain devra accueillir une biodiversité nouvelle tout en restant un territoire vivant pour ses habitants et ses visiteurs.

Source de l’entretien cité : Jean-Baptiste Bosson, Franceinfo

Un projet d'arrêté du gouvernement reconnaît l'irréalisme de l'objectif de bon état écologique et chimique des eaux

Le gouvernement consulte le public sur une modification des règles de préparation des SDAGE, les documents qui orientent la politique de l’eau dans les grands bassins français. Le projet prévoit de recourir aux objectifs moins stricts pour les eaux qui n’atteignent pas le bon état écologique, et de mieux prendre en compte les conséquences économiques des mesures sur l’agriculture. Une évolution vers davantage de réalisme, mais qui devrait aussi bénéficier à l’ensemble des usages de l'eau et des territoires concernés.

Dans les années 2000, les riverains ont souvent entendu une présentation simple de la politique européenne de l’eau : toutes les rivières devaient atteindre le bon état écologique en 2015 ! Il s'agissait dans notre cas de prétendre à l'urgence de détruire les ouvrages de moulins, étangs, plans d'eau et usines hydro-électriques, présentés comme causes majeures de la non atteinte du bon état écologique. L'argument était fantaisiste, on le sait désormais, mais cette échéance avait un fondement juridique. La directive cadre sur l’eau (DCE), adoptée par l'Europe en 2000, fixait bien un objectif général de bon état quinze ans après son entrée en vigueur.

Dès l’origine, la directive prévoyait des reports de délai, des objectifs moins stricts sous conditions et un régime particulier pour les masses d’eau artificielles ou fortement modifiées. Les exceptions ne sont donc pas une invention de 2026. Ce qui change désormais, c’est la place que l’administration française propose de leur donner et cela pour une raison simple : l'échec des mesures de qualité des cours d'eau, en tout cas dans le délai donné par la DCE.

Du report des échéances à l’adaptation des objectifs

Le projet soumis à consultation modifie l’arrêté du 17 mars 2006 relatif au contenu des schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux, ou SDAGE. Ces documents définissent les orientations et les objectifs de la politique de l’eau à l’échelle des grands bassins. Il prépare leur prochain cycle, couvrant la période 2028-2033.

La modification centrale concerne les eaux de surface. Pour toute masse d’eau dont l’état écologique est inférieur au bon état lors de l’évaluation la plus récente, le projet prévoit la fixation d’un objectif moins strict, sous les conditions prévues par le code de l’environnement. Une masse d’eau est ici une unité de suivi et de gestion : par exemple, un tronçon de rivière ou un plan d’eau.

Un mécanisme parallèle est prévu pour les eaux souterraines dont l’état quantitatif est insuffisant, c’est-à-dire lorsque l’équilibre de la ressource et des prélèvements n’est pas assuré.

La différence est importante. Reporter une échéance consiste à conserver le même résultat attendu, mais à accorder davantage de temps pour l’obtenir. Fixer un objectif moins strict consiste à adapter le résultat exigé pour certains paramètres, en justifiant pourquoi le bon état ne peut pas être atteint dans les conditions considérées.

L’arrêté actuellement en vigueur permet déjà ces objectifs dérogatoires. Le projet leur donnerait toutefois une portée beaucoup plus générale, en visant l’ensemble des masses d’eau de surface encore sous le bon état écologique.

Une reconnaissance des limites du calendrier initial

Cette évolution peut se lire comme une reconnaissance administrative de l’échec à réaliser l’objectif général aux échéances annoncées. Après les horizons de 2015, 2021 et 2027, la planification se prépare à organiser plus largement des objectifs adaptés.

Il serait cependant inexact d’en conclure que le gouvernement supprime totalement l’objectif de bon état ou autorise la dégradation des eaux. Le projet ajoute même une phrase rappelant que les objectifs restent définis pour atteindre le bon état.

Les dérogations sont ainsi encadrées. Le droit exige notamment l’examen des autres moyens de satisfaire les besoins liés aux activités humaines, la limitation de la dérogation à ce qui est nécessaire et l’absence de détérioration supplémentaire. Les objectifs dérogatoires doivent être réexaminés à chaque mise à jour du SDAGE. La seule constatation d’un mauvais état ne dispense donc pas de démontrer que les conditions de la dérogation sont réunies.

Le projet prévoit également une liste indicative des masses d’eau susceptibles d’atteindre le bon état écologique avant la fin du cycle. Cette liste devra représenter au moins 10 % des masses d’eau bénéficiant d’objectifs moins stricts, afin de prioriser les actions. Il s’agit d’un minimum pour une liste de priorités,  non d’une garantie de résultat. Il ne signifie pas davantage que les 90 % restants seraient définitivement abandonnés.

Enfin, les échéances chimiques prévues jusqu’en 2033, 2039 ou 2045 concernent des substances nouvellement réglementées ou dont les normes ont été révisées. Elles ne constituent pas un report général du bon état écologique jusqu’en 2045... même si cela y ressemble fortement !

Agriculture : une prise en compte des conséquences économiques

Le second changement notable est l’ajout, parmi les documents accompagnant le SDAGE, d’un résumé expliquant comment son évaluation des impacts socio-économiques sur l’agriculture a été prise en compte. L’objectif est de proportionner ces impacts aux enjeux du territoire.

Cette disposition traduit une obligation introduite dans le code de l’environnement par la loi du 18 août 2026 d’urgence pour la protection et la souveraineté agricoles. Elle ne constitue pas, à elle seule, une exemption agricole des objectifs de qualité de l’eau, mais impose de mieux évaluer les conséquences des choix publics.

Cette évolution est bienvenue. La France métropolitaine comptait 349 600 exploitations agricoles en 2023, environ 40 000 de moins qu’en 2020. Ce recul du nombre d’exploitations ne se confond pas avec une baisse équivalente de la production, mais il souligne l’importance des transformations du secteur. Les contraintes économiques et les besoins d’adaptation à la disponibilité de l’eau méritent d’être examinés sérieusement.

Une politique environnementale doit expliciter les bénéfices attendus, les coûts imposés, les solutions possibles et les moyens d’accompagnement. Cette exigence permet de choisir des mesures efficaces et soutenables, plutôt que d’accumuler des prescriptions dont les effets concrets restent mal évalués.

Pourquoi réserver cette attention à une seule profession ?

Le réalisme économique ne devrait cependant pas s’arrêter aux exploitations agricoles. Les communes, les habitants, les entreprises, les producteurs d’hydroélectricité, les activités touristiques et les propriétaires d’ouvrages hydrauliques sont également concernés par les décisions sur l’eau.

Le droit reconnaît déjà cette diversité. L’article L. 211-1 du code de l’environnement prévoit une gestion équilibrée et durable, intégrant l’adaptation au changement climatique, la protection des milieux, la production d’énergie et les différents usages. Il affirme aussi une politique de stockage pour un usage partagé de l’eau. Les exigences des milieux, de l’écoulement et des activités humaines doivent être conciliées, sans primauté de principe entre ces catégories, sous réserve des priorités de santé, de sécurité et d’alimentation en eau potable.

Il faut donner une traduction concrète à ces principes. Lorsqu’un projet conduit à supprimer une retenue, un bief ou un ouvrage, son évaluation devrait examiner les conséquences sur les usages existants, les volumes d’eau disponibles, le patrimoine et les besoins futurs. Si une capacité de stockage doit ensuite être recréée, son coût doit entrer dans la comparaison des solutions.

Adapter les objectifs ne remplace pas l’évaluation des résultats

Le recours plus large aux objectifs moins stricts peut rendre la politique de l’eau plus réaliste. Il comporte aussi un risque évident : améliorer artificiellement le bilan administratif en adaptant les objectifs, sans amélioration correspondante des milieux.

Abaisser un objectif ne change évidemment pas l’état réel d’une rivière. Le public doit donc pouvoir distinguer les progrès mesurés, les paramètres encore dégradés et les adaptations accordées.

La consultation ouvre ainsi un débat utile, qui mérite de s'élargir. Quels résultats ont produit les mesures déjà engagées ? Quelles pressions expliquent les difficultés persistantes ? Quelles actions apportent les meilleurs bénéfices pour leur coût ? Et comment concilier protection des milieux, disponibilité de l’eau et activités humaines ?

L’évolution proposée mérite d’être accompagnée d’une exigence de transparence et d’une évaluation des choix passés, ce qui suppose déjà de mesurer de manière sincère les consséquences observables des projets en gagés, notamment en restauration hydromorphologique. Quant au réalisme reconnu à l’agriculture, il devrait devenir une méthode commune à toute la politique de l’eau.

Consultation publique : du 9 au 31 octobre 2026. Lire les documents et participer à la consultation 

En hydroélectricité, un projet peut être refusé s’il exploite insuffisamment le potentiel du site

Par une décision du 2 octobre 2026, le Conseil d’État précise que l’administration peut refuser l’autorisation d’une installation hydroélectrique au motif qu’elle n’exploite pas de manière optimale le potentiel du site. Cette appréciation doit cependant tenir compte des autres objectifs de la gestion équilibrée de l’eau et des critères du code de l’énergie. L’affaire concerne une microcentrale projetée en Savoie.

La société CH Bonnegarde souhaitait créer une microcentrale utilisant les eaux du torrent de Bonnegarde, sur la commune de La Plagne-Tarentaise. Le préfet de la Savoie a refusé son autorisation par un arrêté du 26 décembre 2019. Selon les constatations du Conseil d’État, ce refus était fondé sur l’insuffisante efficacité énergétique du projet, révélée notamment par l’existence d’un projet concurrent dont l’administration avait connaissance.

La société a contesté ce refus devant le tribunal administratif de Grenoble, qui a rejeté sa demande le 13 juin 2023. Le 12 mars 2025, la cour administrative d’appel de Lyon lui a donné raison : elle a annulé le jugement et l’arrêté préfectoral, puis ordonné au préfet de réexaminer la demande. Le ministère chargé de l’écologie s’est pourvu en cassation contre cet arrêt.

Le litige portait principalement sur une question : l’administration peut-elle apprécier la qualité énergétique d’un projet hydroélectrique et refuser son autorisation lorsqu’il ne tire pas suffisamment parti de la ressource disponible ?

Le Conseil d’État articule deux ensembles de dispositions. L’article L. 211-1 du code de l’environnement fait de la valorisation économique de l’eau, notamment pour produire de l’électricité renouvelable, un objectif de sa gestion équilibrée et durable. Cette gestion doit également concilier les exigences biologiques, hydrauliques et les différents usages de l’eau. L’article L. 311-5 du code de l’énergie prévoit, quant à lui, une appréciation de l’efficacité énergétique de l’installation par comparaison avec les meilleures techniques disponibles à un coût économiquement acceptable.

Ces critères énergétiques interviennent dans l’instruction de l’autorisation hydraulique : le Conseil d’État rappelle que les autorisations prévues par les deux codes sont juridiquement articulées.

Le moyen principal figure au point 5 de la décision :

« Par suite, l’autorité administrative peut légalement se fonder, pour rejeter un telle demande, sur la circonstance que l’installation projetée n’exploite pas de manière optimale le potentiel hydroélectrique du site d’implantation, dès lors qu’elle prend également en compte les autres objectifs énoncés à l’article L. 211-1 du code de l’environnement et les autres critères mentionnés à l’article L. 311-5 du code de l’énergie. »

Le Conseil d’État retient deux erreurs de la cour d’appel. D’une part, elle a commis une erreur de droit en excluant la possibilité d’un refus fondé sur l’exploitation insuffisamment efficace de la ressource. D’autre part, elle a dénaturé les pièces du dossier en estimant que le refus préfectoral ne reposait pas sur l’efficacité énergétique du projet et les objectifs légaux précités.

L’arrêt du 12 mars 2025 est donc annulé et l’affaire renvoyée à la cour administrative d’appel de Lyon. Le Conseil d’État ne tranche pas définitivement la légalité du refus préfectoral : la cour devra réexaminer le litige en appliquant cette interprétation du droit.

Cette décision appelle une double lecture. Elle rappelle que la production hydroélectrique constitue un objectif légal que l’administration doit prendre en compte dans la gestion de l’eau. Mais elle permet aussi d’opposer à un projet sa valorisation insuffisante du potentiel énergétique. Pour les porteurs de projets, le choix du dimensionnement et des équipements devra donc être solidement justifié. L’optimisation reste toutefois encadrée par le coût économiquement acceptable des techniques et par la conciliation des autres intérêts protégés : elle ne constitue pas une obligation abstraite de produire le maximum d’électricité, quelles qu’en soient les contraintes et conséquences.

Source : Conseil d’État, chambres réunies, 2 octobre 2026, n° 504303, décision mentionnée aux tables du recueil Lebon. Pappers, Légifrance

Rivières et zones humides face au choix subjectif de leurs états de référence

Derrière la notion d’« état de référence » d’un milieu aquatique se joue une question politique : qui décide de la nature que nous devons conserver ou restaurer ? Favoriser certaines espèces, certains habitats ou certaines trajectoires ne relève pas de la science exacte : cela engage toujours des valeurs et des arbitrages, des préférences et des choix. À partir d’un ouvrage collectif consacré à cette notion, nous contestons ici son usage comme norme indiscutée de la gestion publique de l’eau. Cette gestion doit expliciter ses choix, établir plusieurs trajectoires possibles pour les bassins versants et les soumettre au libre débat démocratique.

Pour dire qu’une rivière est dégradée, il faut disposer d’un point de comparaison. En écologie, c’est le rôle de l’« état de référence », parfois appelé « condition de référence » » : un repère auquel on compare un milieu pour évaluer ses caractéristiques et leur évolution. Il peut s’agir de la rivière telle qu’elle était autrefois, d’une autre rivière jugée moins transformée par les activités humaines, ou d’une estimation de ce qu’elle serait sans certaines de ces transformations. On examine alors les différences dans les espèces présentes, les habitats ou le fonctionnement du cours d’eau. Ce repère sert à établir un diagnostic, mais il peut aussi devenir un objectif de restauration : on cherche à rapprocher la rivière de la situation retenue comme référence. Son choix est donc essentiel, car la période, le lieu et les espèces que l’on privilégie influencent ce que l’on considérera comme une dégradation ou une amélioration.

La question des interventions sur les milieux aquatiques est souvent : quel état d’une rivière ou d’un marais faudrait-il retrouver pour parler de restauration écologique ? 

Dans l’ouvrage « Conservation de la biodiversité et état de référence », plusieurs chercheurs examinent les difficultés de cette question. Les cours d’eau et les zones humides offrent des exemples précis des contradictions rencontrées. Les auteurs proposent de conserver les références comme des outils contextualisés et discutés. Une lecture critique peut toutefois prolonger leur raisonnement : ces précautions ne suppriment pas le choix des formes de biodiversité que l’on souhaite favoriser.

La référence comme mesure et comme modèle

Publié en 2023, cet ouvrage collectif est dirigé par Laurent Godet, chercheur au CNRS au laboratoire LETG à Nantes, ainsi que par Simon Dufour et Anne-Julia Rollet, géographes au LETG à l’Université Rennes 2. Il réunit onze chapitres, principalement écrits par des géographes, qui croisent histoire des milieux, fonctionnement écologique et analyse des rapports entre sociétés et nature. Son sous-titre, La nostalgie de la nature à l’ère de l’Anthropocène, annonce l’enjeu : que faire des références au passé lorsque les milieux ont une longue histoire de transformations et continuent de changer ?

Dans leur chapitre sur la construction sociale de la référence, Clémence Moreau, Cécile Barnaud et Raphaël Mathevet reprennent une définition de Maron et ses collègues : « un état ou une trajectoire d’un système qui est utilisé comme un comparateur ». La référence permet de situer un état observé, de mesurer une évolution ou d’apprécier les résultats d’une intervention. Elle peut être recherchée dans l’histoire d’un site, dans d’autres sites jugés comparables, ou dans une modélisation de conditions possibles.

Pour les rivières, on peut ainsi comparer les peuplements biologiques, les habitats ou le fonctionnement physique d’un tronçon à ceux de milieux moins transformés. Mais une ambiguïté apparaît lorsque ce comparateur devient aussi le modèle de ce qui devrait exister. La référence ne sert plus seulement à décrire une différence ; elle qualifie cette différence comme une dégradation et désigne une situation à retrouver. Le livre examine précisément ce passage de la comparaison à la prescription.

La question porte donc sur plusieurs décisions : quelle période retenir, quels sites comparer, quelles composantes du vivant mesurer et quelle place accorder aux activités humaines ? Un état ancien, un état peu anthropisé, un état riche en espèces et un état souhaitable ne se confondent pas nécessairement. Les contributions consacrées aux milieux aquatiques montrent les conséquences concrètes de ces distinctions.

Les contradictions reconnues par la recherche dans la recherche d’une référence idéale

Le premier problème est celui de la référence historique. Dans le chapitre sur les références spatiales, Anne-Julia Rollet, Simon Dufour et Armelle Decaulne soulignent la rareté et l’imprécision des données anciennes, mais aussi un obstacle plus fondamental : « même les écosystèmes non anthropisés sont dynamiques ! ». Ils citent les rivières des Carpates polonaises, où des changements environnementaux ont réduit les débits et les apports sédimentaires dans des bassins soumis à une très faible influence humaine directe. Connaître un état passé renseigne sur une trajectoire ; cela ne suffit pas à rendre cet état reproductible dans les conditions présentes.

Les rivières alpines en tresses illustrent une contradiction entre naturalité et valeur écologique. Le premier chapitre, signé par Godet, Dufour, Rollet et Decaulne, rappelle que leur développement repose en partie sur les transformations humaines des versants au XIXe siècle. Ces transformations ont favorisé les apports de sédiments qui alimentaient ce style fluvial. Le reboisement spontané associé à la diminution de certaines pressions humaines contribue ensuite à réduire ces apports. Il peut dès lors être perçu comme un obstacle à la restauration de la rivière en tresses, pourtant valorisée pour ses habitats et ses espèces. La référence est fréquemment recherchée au XIXe siècle, alors que la pression humaine directe était particulièrement forte. Réduire cette pression et conserver le paysage devenu une référence peuvent donc conduire à des objectifs différents.

Chercher la référence ailleurs dans l’espace ne fait pas disparaître les difficultés. Le Tagliamento, en Italie, est souvent présenté comme un modèle de rivière alpine naturelle. Rollet et ses collègues montrent cependant que les publications qui célèbrent son intégrité parlent également de tronçons semi-naturels ou relativement préservés, et reconnaissent des impacts humains. La référence prétendument intacte est en réalité un système dont certaines propriétés ont été jugées exemplaires.

La représentativité des sites retenus constitue un autre problème. Pour les cours d’eau français, le chapitre relève une surreprésentation des petites et moyennes rivières, notamment à l’amont, tandis que les grandes rivières et les cours d’eau de plaine restent moins bien référencés. Leur anthropisation ancienne et importante rend difficile la sélection de témoins satisfaisant les critères habituels. Les références peuvent également être partielles : certains sites conviennent pour les plantes aquatiques ou les macro-invertébrés sans fournir une référence globale pour tout l’écosystème.

Cette sélection peut produire une normalisation des milieux. Les mêmes auteurs mettent en garde contre la confusion entre un site utile à la comparaison et un archétype destiné à orienter les représentations. Ils évoquent des restaurations qui privilégient le modèle de la rivière à méandres pour des raisons fonctionnelles et esthétiques, même lorsque ce modèle ne correspond pas aux conditions biophysiques locales. La recherche d’un état de référence risque alors d’homogénéiser les pratiques et les milieux, jusqu’à « créer des systèmes standardisés ».

Les zones humides apportent des exemples tout aussi explicites. Dans leur chapitre sur les espaces protégés littoraux, Vincent Andreu-Boussut et Céline Chadenas décrivent la restauration du marais d’Orx, dans les Landes. Le projet associe un marais central inspiré d’une configuration lacustre médiévale, une prairie humide évoquant les aménagements du XIXe siècle et un secteur transformé pour favoriser les échassiers. Plusieurs époques et plusieurs objectifs biologiques sont juxtaposés. Des références extérieures sont également mobilisées lorsque les connaissances historiques locales manquent. La restauration produit ainsi un assemblage contemporain d’habitats, plutôt que la restitution fidèle d’un état ancien unique.

David Montembault examine une situation comparable dans le bassin de l’Authion. La roselière d’Andard, celle des Prés d’amont et le lac de Rillé résultent d’aménagements et d’abandons intervenus à des périodes très différentes. Aux Prés d’amont, la roselière est issue de l’abandon d’un étang creusé dans les années 1990. Le lac de Rillé provient d’une opération d’aménagement des années 1970 qui a aussi contribué à transformer et assécher des prairies humides en aval. La réserve d’eau a ensuite acquis une importante valeur ornithologique. Un même projet a donc fait disparaître certains habitats et permis l’apparition d’autres milieux aujourd’hui valorisés. Ce constat ne fournit pas son bilan écologique global, mais empêche d’assimiler simplement origine artificielle et absence d’intérêt biologique.

La contradiction touche enfin la construction de la norme. Moreau, Barnaud et Mathevet discutent le syndrome de glissement de la référence, selon lequel chaque génération s’habituerait à une nature appauvrie. Ils reconnaissent son intérêt, tout en examinant ses présupposés : l’existence d’une nature passée vierge et stable, puis l’assimilation de ce passé à un futur désirable. Ils soulignent aussi que peu d’études combinent une description rigoureuse des dynamiques écologiques et une analyse des représentations. Leur conclusion est explicite : « l’état de référence n’est ni une évidence scientifique ni forcément un consensus, mais relève plutôt d’une question de choix ».

Les réponses proposées par les auteurs

Les contributeurs ne proposent pas tous la même solution. La conclusion générale, rédigée par Dufour, Rollet, Decaulne et Godet, organise néanmoins une réponse commune : renoncer à la référence unique, expliciter sa construction et distinguer son rôle d’outil des objectifs de gestion. Sur la reproduction intégrale des états passés, leur formulation est sans ambiguïté : « l’échec est certain, car les reconstituer dans leur intégrité est impossible ». L’histoire doit éclairer les possibilités présentes et alimenter la discussion, plutôt que fournir une situation à copier.

Une première réponse consiste à construire des références multiples, adaptées aux contextes et exprimées sous forme de gammes de variation. Le chapitre sur les références spatiales présente les travaux d’Herlihy et de ses collègues sur les macro-invertébrés des cours d’eau américains : 1 392 sites, sélectionnés parmi 1 655 sites initialement identifiés, servent à caractériser neuf écorégions. Cette démarche cherche à intégrer la diversité des conditions naturelles. Les auteurs signalent cependant que les seuils de sélection varient entre régions et que des sites retenus comme références dans une région très transformée pourraient être considérés comme dégradés ailleurs. La méthode produit un cadre de comparaison régionalisé dont les limites doivent rester visibles.

Une deuxième réponse est de juger les effets écologiques observés plutôt que la seule présence d’une influence humaine. Rollet et ses collègues présentent des démarches qui n’excluent pas systématiquement un site parce qu’un élément anthropique y est visible. Elles évaluent ses conséquences et peuvent tolérer une pression dont les effets restent faibles ou difficiles à distinguer de la variabilité naturelle des paramètres étudiés. Cette démarche exige aussi de considérer le bassin versant : un tronçon dépourvu de seuil ou de barrage apparent peut subir des pollutions ou des transformations provenant de l’amont.

Les auteurs proposent également de raisonner en trajectoires. Thomas Houet montre comment la géoprospective utilise des connaissances partagées et plusieurs scénarios pour éclairer les choix futurs. Dans les espaces protégés littoraux, Andreu-Boussut et Chadenas décrivent des stratégies qui adaptent les objectifs aux changements du niveau marin, aux possibilités de déplacement des habitats et aux enjeux territoriaux. D’autres démarches privilégient la libre évolution. Dans la réserve de Sainte-Lucie, le défaut d’entretien hydraulique d’anciens salins a permis le développement spontané d’habitats patrimoniaux ; leur présence a ensuite orienté la décision de ne pas remettre en eau la partie nord de l’ancien salin. L’objectif peut ainsi évoluer avec les milieux réellement apparus.

Enfin, plusieurs contributions appellent à mettre les références en débat. Moreau, Barnaud et Mathevet proposent de confronter connaissances scientifiques, savoirs locaux et représentations des acteurs. La conclusion générale demande que les objectifs soient identifiés, argumentés et discutés, afin qu’une référence ne s’y substitue pas silencieusement. Les coordonnateurs reconnaissent toutefois que la discussion est traversée par des rapports de pouvoir et qu’elle ne garantit pas, à elle seule, la qualité de la décision. Leur proposition consiste à rendre les choix mieux informés et mieux partagés.

L'état de référence est d'abord un état de préférence

Nous pouvons prolonger cette analyse en soutenant que les contradictions les plus profondes de l’état de référence ne peuvent être supprimées. Les solutions présentées améliorent la comparaison, la connaissance des trajectoires et la discussion des objectifs. Elles ne permettent pas de déduire des seuls faits écologiques la forme de biodiversité qui devrait être privilégiée. Cette critique porte sur la référence érigée en norme biologique dans le discours du gestionnaire public ; elle laisse entière l’utilité de comparateurs définis pour répondre à une question scientifique précise.

Le choix demeure d’abord dans les composantes du vivant que l’on décide de considérer. Une référence construite à partir de certains groupes d’invertébrés ne décrit pas toute la biodiversité d’un système aquatique. Une gestion orientée vers des poissons, des oiseaux d’eau ou une végétation particulière donne une importance différente aux habitats et à leur évolution. Le marais d’Orx rend cette sélection visible : niveaux d’eau et configurations des milieux sont organisés en fonction des cortèges recherchés. La qualification d’un état comme meilleur suppose donc de préciser pour quelles espèces, quels habitats et à quelle échelle il l’est.

Le recours aux fonctions écologiques (plutôt qu’aux espèces et à leurs habitats) ne supprime pas cette difficulté. Dans son chapitre sur la compensation, Coralie Calvet rappelle qu’une équivalence de fonctions ou de services peut conduire à remplacer une zone humide complexe par un milieu plus simple offrant une capacité d’épuration ou de régulation des crues comparable. Elle souligne la nécessité de compléter ces approches par la considération des espèces et des habitats eux-mêmes. Le maintien d’une fonction choisie et celui de la diversité biologique ne constituent pas un seul et même objectif. Choisir les fonctions qui comptent reste une décision de conservation.

La libre évolution déplace également le choix sans l’abolir. Elle accorde une priorité à la spontanéité des processus et accepte une part d’incertitude sur les assemblages futurs. C’est une orientation qui peut être argumentée, mais elle ne permet pas de garantir simultanément le maintien de tous les habitats ou de toutes les espèces actuellement valorisés. Réciproquement, entretenir un marais, un plan d’eau ou une prairie humide pour conserver certains peuplements privilégie leur persistance. Les deux démarches expriment des préférences différentes à l’intérieur même de la protection du vivant. En outre, l’idée sous-jacente est que la libre évolution serait le plus proche de la naturalité, mais en situation de changement climatique modifiant les conditions thermiques et hydriques, c’est assez illusoire d’espérer une telle dimension « naturelle » à la trajectoire libre du système concerné. 

Appliquée aux rivières aménagées, notre critique conduit à demander une évaluation des effets réels des aménagements en place et des interventions envisagées. Il faut examiner les peuplements présents, les habitats concernés et leurs relations à l’échelle du bassin, puis comparer les trajectoires plausibles avec et sans intervention. L’écart à une rivière imaginée sans aménagement ne suffit pas à établir le bilan d’une opération sur l’ensemble de la biodiversité. Cette exigence prolonge les réserves formulées dans le livre sur les références partielles et les critères fondés sur la seule présence de pressions ; elle ne préjuge pas du bilan d’un ouvrage particulier.

Le désaccord avec la conclusion de l’ouvrage porte finalement sur ce que l’on peut attendre de la notion de référence. Les coordonnateurs pensent conserver un outil pertinent en le rendant multiple, évolutif et débattu. Nous soutenons que ce déplacement confirme surtout l’impossibilité d’en tirer une norme intrinsèque du vivant et une fondation no discutable d’un choix de gestion. La conclusion du livre reconnaît elle-même qu’« il n’existe donc pas de référence évidente, naturelle ou normale pour un site donné ». Les contradictions deviennent gérables par des décisions explicites reconnaissant une part de préférence subjective. Pour les rivières et les zones humides, toute référence employée pour orienter la conservation reste ainsi un choix de valeurs avant d’être un choix de biologies. 

La gestion gagnerait à exposer les formes du vivant qu’elle entend favoriser ainsi qu’à rendre compte des effets de ce choix sur les autres formes. Elle gagnerait aussi à admettre que nous ne sommes pas dans un débat entre science et ignorance, ou entre nature et artifice, mais dans une discussion sociale et politique sur les rivières et zones humides que nous voulons. 

Référence : Godet, L., Dufour, S., & Rollet, A.-J. (dir.). (2023). Conservation de la biodiversité et état de référence : La nostalgie de la nature à l’ère de l’Anthropocène. ISTE Éditions.